הרב מלכיאור זכה בפרס הסובלנות ממכון נובל באוסלו, ובפרס השלום של הכנסייה האנגליקנית על תרומתו לשלום העולמי.

בין התפקידים אותם מילא בתחום זה: שר וסגן שר לענייני החברה והתפוצות, סגן שר החוץ המופקד על נושא האנטישמיות מטעם הממשלה, המנהל הבינלאומי של קרן אלי ויזל, יו"ר הפורום הישראלי למאבק באנטישמיות וחבר הוועדה לאיתור והשבת נכסי השואה של הכנסת.

"126 שנים חלפו מאז ראה אור המושג "אנטישמיות", אומר הרב מלכיאור, "ועדיין אנו מתמודדים מידי יום עם תופעה מבישה ומחרידה זו, הממשיכה להתפשט ולשלוח גרורות מסרטנות בכל רחבי כדור הארץ.

אם בעבר התמודדו היהודים עם אנטישמיות קלאסית, אשר סימנה את היהודים כפרטים החברים בקבוצה דתית או אתנית, ומנעה מהם את הזכות הבסיסית לחיות כשותפים שווים בחברה חפשית, הרי שהיום מרימה את ראשה אנטישמיות חדשה, מסוכנת, אשר תוקפת לא רק את היהודי כפרט, אלא את היהודים כישות קולקטיבית - ובתרגום למציאות שלנו היום - את ישראל, מדינת היהודים".

לתפיסת הרב מלכיאור, מעצם העובדה שהאנטישמיות מקורה בעמים הלא-יהודים, הרי שהיכולת למיגור המחלה אינה מצויה בידי היהודים, כי אם בידי העמים בהם רוחשת השנאה. לכן, יש לפעול מול גורמים לא-יהודיים ולגייס אותם למאבק באנטישמיות".

לתפיסת הרב מלכיאור, האנטישמיות מהווה חלק מתופעה עולמית מתרחבת של גזענות, ולכן הבעיה הינה גלובלית. רק חיבור העיסוק בשואה לשיח העולמי לזכויות אדם והמלחמה בגזענות יכול לקרב את העולם להבנת השואה.

 עוד טוען הרב, כי ההסברה הישראלית עושה זילוּת למושג האנטישמיות. לדבריו, הניפנוף במונח זה כלפי העולם בכל הזדמנות, הינו מזיק והרסני. "כשגורמים בעולם מביעים ביקורת על מדינת ישראל, היא אינה בהכרח אנטישמית, ופעמים רבות היא לגיטימית, על אף היותה מקוממת", הוא אומר. "חשוב להיזהר בשימוש במונח הטעון הזה, ולא להזכירו בכל פעם שבה נמתחת ביקורת על ישראל".