ח"כ הרב מלכיאור כואב את העובדה שדווקא בישראל, מדינת העם היהודי, הפך הפער החברתי והכלכלי לאחד הגדולים בעולם. הנושא החברתי, טוען הרב מלכיאור, הפך כאן ל"בן ערובה" בידי זה הבטחוני: בכל פעם שצצה סוגיה בטחונית, היא דוחקת לשוליים את הטיפול בנושאים החברתיים, בטענה שאלה פחות "בוערים". התוצאה של תפיסה שגויה זו, לתפיסת הרב מלכיאור, היא החרפה של הפערים החברתיים עד כדי התפוררות המרקם החברתי - שהוא הבסיס להתהוות המדינה. "אנו כל כך שומרים על גבולות המדינה, אבל אם לא נשמור על מה שקורה בתוכה", אומר הרב מלכיאור, "לא ישאר לנו בשביל מה לשמור על הגבולות." אחת המטרות המרכזיות העומדות לנגד עיניו, הינה טיפול בכל האוכלוסיות החלשות, הנותרות מחוץ לגדר. הרב מלכיאור פועל מתוך התפיסה שכל אדם ראוי ליחס שווה, באשר הוא אדם.

התחום החברתי, אם כן, עומד במרכז העשייה של הרב מלכיאור. לפיכך, בחר לכהן במהלך חייו, בתפקידים מגוונים הקשורים בתחום זה. בין השאר, כיהן כשר וכסגן שר לענייני החברה הישראלית, היה סגן שר החינוך, התרבות הספורט, יו"ר הוועדה לזכויות הילד בכנסת, חבר ועדת העלייה והקליטה, יו"ר השדולה למען איכות הסביבה ויו"ר השדולה למען דו-קיום ערבי ויהודי בכנסת.

במאי 2006 החל הרב מלכיאור לכהן כיו"ר ועדת החינוך, התרבות והספורט של הכנסת - תפקיד רב השפעה הנוגע בעיצוב עתידה של החברה הישראלית.